国家中成药工程技术研究中心专利工作的总目标是对研究成果实施知识产权保护，转化为知识产权资源优势和市场竟争优势，以增强国家中成药工程技术中心的整体研发实力。成立以来共获得发明专利51项。

1.通过专利检索分析及专利监视，对研发、制造与市场的自由度形成保障。

2.确保中心的创新品种全部实现专利保护，新技术、新工艺、新标准等科研成果及时申报专利保护；

3.通过专利品质管理、专利评估、专利信息与产品、技术、市场信息的整合和运用，确保取得专利的价值。